Fujifilm X100S má nový APS-C X-Trans CMOS II snímač s rozlíšením 16,3 Mpix a EXR Processor II, ktorý ponúka lepšie rozlíšenie a redukuje šum až o 30% oproti predchádzajúcej generácii má ambície konkurovať full frame snímačom.
Snímač je bez low pass filtra takže produkuje jasné a ostré zábery s minimálnym šumom aj pri vysokých ISO citlivostiach a nespôsobuje moiré.